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Drupalの更新が管理画面で表示されたのでいつものようにComposerでアップデートしたら、最後にエラーが発生しました。

[RuntimeException]
Could not delete /usr/share/nginx/html/drupal/sites/default/default.services.yml:

この問題の対処法はドキュメントルートのsites/defaultに書き込み権限を設定することで回避できます。

sudo chmod u+w ドキュメントルート/site/default

そのあとに、composerでアップデートすると先のエラーは出なくなります。
ただし、Drupalにブラウザでアクセスすると書き込み可能にしたディレクトリやファイルが読み取りに変更されるので、このエラー発生時は毎回これを行うようです。